PYMOL
Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas dari peran
program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi merupakan salah satu cara
untuk memahami lebih mendalam tentang dunia biologi molekular. Saat ini telah
banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun
untuk menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai
program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang saat
ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD
(Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.
Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi molekular ataupun MD dapat
dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak visualisasi dibutuhkan untuk
beberapa hal diantarnya untuk memvisual
PyMOL sebagai program visualisasi grafis molekuler dapat digunakan
untuk beberapa hal antara lain untuk membaca basis data protein PDB (Protein
Data Bank), menampilkan struktur 3D makromolekul dengan berbagai representasi
bentuk (Gambar 1), visualisasi hasil kristalografi, menseleksi dan mengedit
bagian tertentu pada molekul, menampilkan proses trajektori hasil simulasi MD,
membuat file animasi, dan analisis molekular lainnya seperti visualisasi warna
b-factor, pensejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen,
menampilkan sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL 2002).
Tidak ada komentar:
Posting Komentar