Tutorial Qutemol App for Linux
Pada pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi
kimia yang dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah
satunya adalah aplikasi qutemol.
Qutemol merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik
untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open
source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem
visualisasi molekular.
Aplikasi ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif
sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan
untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul
secara luas sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang
akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih
dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati.
Hal ini dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi
file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini
adalah sebagai berikut :
1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini
akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk
memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan
diamati.
3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh
pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih
dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas
untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari
jendela aplikasi qutemol.
5. Pada tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang
kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar
jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada
pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan.
Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘,
‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
6. Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa
menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan
‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul
yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur
warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi,
aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni
dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita
amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png
Have a try, guys! J
Tidak ada komentar:
Posting Komentar